為了在凍干后永遠保存樣品，在真空狀態下，采用壓蓋系統，來達到安全而準確的密封作用。為保證物料中的冰不溶化而直接汽化（升華），并不斷移走汽體，保證升華正常進行，必須使凍干機內真空度低于某一溫度下冰的飽和蒸汽壓。采用冷阱是為了捕捉水汽，降低真空泵的負荷，設計合理的冷阱基本不會導致真空泵失效，能耗也低，不過對制冷系統、冷阱的設計要求較嚴。

　　冷凍干燥機的控制器類型如下：

　　1.T型控制器

　　可實現手動，自動兩種程序凍干;反填氣體程序控制;加熱除霜程序控制;壓縮機延時啟動，大限度保護壓縮機;真空泵停止后自動反填純凈氣體，防止真空油逆噴;內置計算機+觸摸屏控制，可存儲5000個固定或用戶自定義程序;數據記錄系統，每分種存儲一次數據，可連續記錄730天，存儲526萬個數據，USB接口數據存儲器可將數據存入計算機。

　　2.P型控制器

　　可實現手動，自動兩種程序凍干;加熱除霜程序控制;壓縮機延時啟動，大限度保護壓縮機;真空泵停止后自動反墳純凈氣體，防止真空油逆噴;內置計算機+觸摸屏控制，可存儲5000個固定或用戶自定義程序;數據記錄系統，每分種存儲一次數據，可連續記錄730天，存儲526萬個數據，USB接口數據存儲器可將數據存入計算機。校準功能可實現對溫度及真空度的校準;全自動控制凍干軟件，可存儲60000個固定或用戶自定義程序，從預凍到除霜全部自動化控制，可數字密碼簽名。

　　3.B型控制器

　　可實現手動，自動兩種程序凍干;反填氣體程序控制;加熱除霜程序控制;壓縮機延時啟動，大限度保護壓縮機;純凈N2反填或空氣過濾反填功能;實時數字顯示真空度、冷阱溫度。